Zobacz, jak ninja stawiają czoła czarnym charakterom, z którymi walczyli w przeszłości! Podczas zwiedzania wystawy w Święto Umarłych Cole przez przypadek aktywuje potężne ostrze i uwalnia zjawy wszystkich wrogów ninja, a sam zostaje uwięziony. Młodzi wojownicy będą musieli wymyślić sposób, jak odesłać upiornych przeciwników do krainy umarłych, zanim duchy nabiorą mocy i na zawsze pozostaną pośród żywych!

Wojna między koordynatorami a "zwykłymi" ludźmi zakończyła się. Czas pokoju nie trwał jednak zbyt długo. Z bazy ZAFT`u zostają skradzione trzy prototypy Gundamów (o wiele silniejsze od pozostałych). Ziemianie szykują się do wojny wytaczając przeciw koordynatorom ich własną broń...