Po pokonaniu Bowsera i uratowaniu Brooklynu Mario staje przed nowym zagrożeniem: złowrogim sojuszem Wario i Bowsera Jr. Teraz, wraz z przyjaciółmi i Yoshim u boku, musi powstrzymać ich plany podboju świata.
Gru, Lucy, Margo, Edith i Agnes witają nowego członka rodziny, Gru Juniora, który zamierza dręczyć swojego ojca. Gru stawia czoła nowemu nemezis w postaci Maxime Le Mal i jego dziewczyny Valentiny, a rodzina jest zmuszona do ucieczki.
Mario, hydraulik z Brooklynu, wraz z księżniczką Peach i humanoidem Toadem wyrusza w podróż pełną przygód, by ocalić świat przed ziejącym ogniem żółwiem Bowserem.
Pozbawione szefa Minionki popadają w depresję. By uratować sytuację, Kevin ze Stuartem i Bobem wyruszają na poszukiwanie godnego ich służby nikczemnika.