Zbuntowany agent NSA dołącza do elitarnego oddziału tropicieli, którzy nazywają siebie Shadow Wolves i angażują się w misje mające na celu ochronę sprawiedliwości w Ameryce oraz na całym świecie.

Elitarna jednostka wojskowa, znana jako G.I. Joe, staje przed wielkim wyzwaniem, jakim jest zapobiegnięcie użycia śmiercionośnych rakiet mających wywołać chaos na całym świecie.