Inteligentny i sympatyczny licealista Shūichi bardzo pilnie chroni swoją tajemnicę. Niespodziewanie jednak ryzykuje i używa mocy, aby uratować dziewczynę.
Genialny detektyw, Keith Flick, pomaga policji w znalezieniu seryjnego mordercy znanego jako Zabójca B. Jaką rolę w tej sprawie odgrywa tajemniczy chłopak o imieniu Koku?
Wbrew swojej woli Ikari Shinji zostaje wybrany na pilota Evangeliona, humanoidalnego robota, który broni Ziemi przed kosmicznymi najeźdźcami. Zamknięty w sobie chłopak zmaga się nie tylko z przeciwnikami, ale i samym sobą.