Funkcjonariusz policji z Los Angeles dołącza do tajnej grupy, aby zbadać podejrzane morderstwo. Odkrywa jednak złowrogi spisek, który wymaga od zespołu zjednoczenia sił i uratowania milionów ludzi w mieście.

Phil Coulson wraca do T.A.R.C.Z.Y., gdzie dowodzi małym oddziałem świetnie wytrenowanych agentów, którzy zajmują się niesklasyfikowanymi jeszcze dziwnymi i trudnymi do zrozumienia sprawami.