Zastępczyni dyrektora CIA Erica Shepherd zostaje skazana na dożywotnie więzienie za zdradę stanu. Trzy lata później agent FBI Will Keaton potrzebuje jej pomocy w złapaniu groźnego terrorysty.
Agentka FBI Olivia Dunham wraz z genialnym naukowcem Walterem Bishopem i jego synem Peterem tworzą zespół prowadzący śledztwa dotyczące serii zagadkowych zdarzeń.