Boruto rozpoczyna swoją drogę ninja, chcąc wydostać się z cienia ojca i zdobyć nowe umiejętności oraz przyjaciół.

Syn przywódcy wioski Kanoha - Boruto nie ma zbyt dobrych relacji z ojcem. Chcąc przewyższyć go siłą, udaje się na nauki do największego rywala opiekuna, Sasuke.

Naruto i Sakura zostają przeniesieni do alternatywnej rzeczywistości, gdzie wszyscy mają przeciwne cechy osobowości.

Czterech ninja strzegących Ukrytych Wiosek Mgły, Kamienia, Chmur i Piasku ginie bez śladu. Podejrzewana jest nieodnosząca żadnych strat Konoha, co sprowadza krainy na skraj kolejnej Wielkiej Wojny.

Naruto wraca do Konohy, by dotrzymać słowa złożonego Sakurze i uwolnić Sasuke z rąk Orochimaru.

Naruto, Kakashi, Sakura i Lee mają za zadanie przetransportować podróżującego po świecie "zepsutego" księcia z kraju Księżyca (który znajduje się na wyspie Półksiężyca na południowym morzu) do jego ojczyzny. Władca kupuje cyrk i szczęśliwy wypływa, natomiast "Kopiujący ninja" i jego podopieczni ochraniają monarchę jak i jego nowy zakup. Trzej tajemniczy ninja mają zamiar pomieszać im szyki.

Naruto wraz z przyjaciółmi otrzymuje zadanie ochrony aktorki podczas kręcenia filmu w Krainie Śniegu.