W poprzedniej serii Echizen Ryoma wraz z drużyną Seigaku postawili sobie za cel zdobycie mistrzostwa Japonii. Nim udało im się spełnić to marzenie musieli sprostać wielu trudnościom. Zarówno Echizen jak i jego koledzy musieli także rozwijać swoje umiejętności, aby podołać kolejnym, coraz silniejszym przeciwnikom. Gdy udaje im się wreszcie osiągnąć cel i Seigaku zdobywa upragniony tytuł mistrza, Ryoma opuszcza Japonię i wraca do Stanów, aby wziąć udział w mistrzostwach US Open. Po niedługim czasie otrzymuje zaproszenie, aby wraz z 50-tką innych zdolnych gimnazjalistów dołączyć do japońskiego obozu treningowego U-17 (Under Seventeen – Poniżej 17-tu lat). Obóz znany jest z tego, że kształci najlepszych tenisistów. Jest to pierwszy raz, gdy zaproszenie otrzymują uczniowie gimnazjum. Najlepszym drużynom i graczom znanym z poprzedniej serii przyjdzie się teraz zmierzyć z licealistami. Z początku nie oczekują oni zbyt wiele po starszych kolegach. Wkrótce jednak przyjdzie im stawić czoło graczom, których poziom znacznie przewyższa ten znany im do tej pory.
Przepełnione tajemniczą mocą karty z innego świata spadły na ziemię. Jak krople uciążliwego deszczu zalały kontynenty. Dzieciaki wpadły w euforię, ale część szybko uznała, że te karty są beznadziejne. Została jednak grupa, której udało się odkryć magiczne właściwości. Powstała gra wojenna. W pojedynku, po wyrzuceniu karty, na polu bitwy pojawia się kula. A z niej… wyłania się potężna istota, której wizerunek widnieje na karcie. Te istoty to Bakugany. Każdy z nich ma swój żywioł: Pyrus – ogień, Haos – światło, Ventus – wiatr, Aquos – woda, Darkus – ciemność, oraz Subterra – ziemia.Trzeba bardzo uważać, aby wyrzucić odpowiednią kartę. Raz pokonany Bakugan przepada na zawsze – dostaje się do Wymiaru Zagłady, z którego nie ma już wyjścia. Dzieci nie zdawały sobie sprawy, że ich gra odzwierciedla równoległy świat – Vestroię, w której każda walka odbywa się naprawdę. A spokój utrzymywany dzięki Jądru Ciszy i Jądru Nieskończoności został właśnie zachwiany. Pojawił się Bakugan, którego celem było zdobycie władzy. Vestroia zaczyna się rozpadać. Także świat ludzi staje się zagrożony. Przyjaciele Shuna – Dan, Runo, Marucho, Julie, Alice i Joe - zwani Młodymi Wojownikami muszą przywrócić porządek.