Minęło prawie 30 lat, odkąd dr Sam Beckett wszedł do akceleratora kwantowego skoku i zniknął na dobre. Teraz nowy zespół naukowców pod wodzą fizyka Bena Songa zamierza wrócić do badania niezwykłej maszyny, aby poznać tajemnice jej oraz jej twórcy. Wszystko jednak się zmienia, kiedy doktor Song niespodziewanie przenosi się do przeszłości i także zostaje zagubiony w czasie.

Tom Kirkman, jeden z członków amerykańskiego gabinetu niższego szczebla, nieoczekiwanie zostaje prezydentem po katastrofalnym ataku, jaki miał miejsce w Waszyngtonie.

Rok po zaginięciu Alison jej przyjaciółki zaczyna prześladować tajemnicze "A".