Grupa profesjonalnych nurków zostaje wynajęta do odnalezienia zatopionego w rzece samochodu. Ich poszukiwania udaremnia drapieżny rekin-żarłacz polujący w wodzie.

Zbuntowany program Smith rozpoczyna przejmowanie kontroli w Matrixie, a armia maszyn zbliża się do Syjonu. Jedyną nadzieją na ratunek jest Neo.