Phil Coulson wraca do T.A.R.C.Z.Y., gdzie dowodzi małym oddziałem świetnie wytrenowanych agentów, którzy zajmują się niesklasyfikowanymi jeszcze dziwnymi i trudnymi do zrozumienia sprawami.

Wojny Klonów obejmują kolejne planety galaktyki. Wielka Armia Republiki, prowadzona przez rycerzy Jedi, stawia czoło siłom zbrojnym separatystów.