Bezwzględny pracownik japońskiej korporacji zostaje zamordowany przez byłego podwładnego, jednak za sprawą boskiej interwencji odradza się jako mała dziewczynka w targanym wojną świecie alternatywnym.

Mob obdarzony jest niezwykłymi mocami. Stara się tłumić w sobie emocje, aby nie skrzywdzić otoczenia.

Aoba Suzukaze zaraz po szkole średniej rozpoczyna pracę jako grafik 3D w studiu zajmującym się tworzeniem gier komputerowych - Eagle Jump. Podczas pierwszego dnia w pracy dowiaduje się, że jej idolka z dzieciństwa - Kou Yagami, która zajmowała się projektami postaci ulubionej gry Aoby, także pracuje w tej samej  firmie. Żeby tego było mało zostaje jej przełożoną w pierwszym w projekcie, będącym kontynuacją ulubionej gry Aoby.

Amagi Sougo jest chłopcem, który mieszka w mieście znajdującym się w Ogrodzie Indigo. Mieszkańcy tego miasta utrzymują się dzięki wydobyciu kryształów znajdujących się w podziemiach. Sougo, którego hobby to zbieranie rzadkich okazów tego surowca, zostaje wciągnięty w spór między jego znajomą z klasy - Kaon a jej rodziną. Podczas ucieczki Amagi oraz Kaon wpadają do wielkiego dołu, będącego odwiertem górniczym i odkrywają tam podziemne jezioro, gdzie poznają tajemniczą niebieskowłosą dziewczynę...

Użytkownicy tytułowej gry zostają w niej uwięzieni. Kirito postanawia uwolnić wszystkich z wirtualnej pułapki.