800 lat temu nikczemny Czarnoksiężnik był bliski przejęcia władzy nad światem... Został jednak uwięziony w głębokich podziemiach przez samotnego wojownika ninja. Dzisiaj nad jego więzieniem stoi liceum w Norrisville, co pozwala Czarnoksiężnikowi wywoływać chaos za pomocą magicznych, zielonych oparów. Na szczęście Randy Cunningham został wybrany na nowego ninja i broni niewinnych przed złymi mocami!
Po wydarzeniach w poprzednich częściach, Afro stał się najgroźniejszym wojownikiem na ziemi. Jednak wybrał życie w odosobnieniu. Wszystko się zmienia gdy u jego drzwi zjawia się mściwa Lady Sio, wraz ze swoim gangiem rządnych zemsty maniaków. Kobieta zabiera mu opaskę Nr 1 oraz resztki czaszki jego zmarłego ojca. Chcąc zapewnić ojcu spokojny spoczynek, Afro po raz kolejny zmuszony jest wkroczyć na ścieżkę przemocy. Wyrusza na poszukiwania opaski Nr 2, która da mu prawo walki o szczątki swego ojca.
Czterech ninja strzegących Ukrytych Wiosek Mgły, Kamienia, Chmur i Piasku ginie bez śladu. Podejrzewana jest nieodnosząca żadnych strat Konoha, co sprowadza krainy na skraj kolejnej Wielkiej Wojny.
Podczas swojego pierwszego dnia w szkole średniej, piękna dziewczyna o imieniu Haruhi Suzumiya przedstawia się mówiąc: "nie interesuje się zwykłymi ludzmi". Jej dziwnemu zachowaniu przygląda się Kyon, chłopak który siedzi w ławce przed Haruhi i jest jedyna osobą która z nią rozmawia. Haruhi dołącza do każdego możliwego szkolnego klubu po czym natychmiast go opuszcza. Kyon podsuwa jej pomysł założenia własnego. W krótkim czasie on i pare innych osób staje się członkami Brygady S.O.S.