W siedzibie prezydenta USA zostaje zamordowana młoda urzędniczka. Tajemnicę jej śmierci próbują rozwikłać doświadczony detektyw z wydziału zabójstw i agentka służb specjalnych.
Żółwie Ninja ruszają na ratunek swojej przyjaciółce, April, która nieumyślnie przeniosła się w czasie do siedemnastowiecznej Japonii, ogarniętej wojną partyzantów z feudalną władzą.