Na pokładzie samolotu lądującego w Nowym Jorku zostaje odkryty śmiercionośny wirus.

Minęło 40 lat odkąd 12 ludzkich kolonii słyszało po raz ostatni o swoich "dzieciach" Cylonach, inteligentnych maszynach, które wyzwoliły się i wypowiedziały wojnę swoim panom i stwórcom - ludziom, a następnie zniknęli. W nagłym niszczycielskim ataku Cyloni powrócili i zniszczyli ludzkie kolonie. Zwycięstwo ułatwiło im to, iż część z nich wygląda już jak ludzie. Atak zmusił Komandora Williama Adamę do przywrócenia do gotowości bojowej jego statek wojenny-muzeum, Battlestar Galactica i wraz z pilotami myśliwców stacjonujących na Battlestar rozpocząć walkę z najeźdźcą. Niestety walka z agresorem jest trudna i Komandor Adama zmuszony jest prowadzić niewielką flotę ocalałych ludzi w samotną wędrówkę w poszukiwaniu trzynastej kolonii - planety zwanej Ziemią.

Komandor Sisko przejmuje dowodzenie na stacji Deep Space Nine. Jego zadaniem jest pomóc wdrożyć Bajor do Federacji i chronić tunel czasoprzestrzenny.