Minęło 40 lat odkąd 12 ludzkich kolonii słyszało po raz ostatni o swoich "dzieciach" Cylonach, inteligentnych maszynach, które wyzwoliły się i wypowiedziały wojnę swoim panom i stwórcom - ludziom, a następnie zniknęli. W nagłym niszczycielskim ataku Cyloni powrócili i zniszczyli ludzkie kolonie. Zwycięstwo ułatwiło im to, iż część z nich wygląda już jak ludzie. Atak zmusił Komandora Williama Adamę do przywrócenia do gotowości bojowej jego statek wojenny-muzeum, Battlestar Galactica i wraz z pilotami myśliwców stacjonujących na Battlestar rozpocząć walkę z najeźdźcą. Niestety walka z agresorem jest trudna i Komandor Adama zmuszony jest prowadzić niewielką flotę ocalałych ludzi w samotną wędrówkę w poszukiwaniu trzynastej kolonii - planety zwanej Ziemią.
Podczas Wielkiego Kryzysu chłopiec z farmy w Oklahomie oraz charyzmatyczny pastor dowiadują się, że są głównymi graczami w grze przedstawicieli Nieba i Piekła.
Lorelai samotnie wychowuje szesnastoletnią córkę w małym miasteczku pełnym przyjaznych ludzi. Rory zostaje przyjęta do prestiżowej prywatnej szkoły, na którą nie stać jej matkę.
Statek Voyager, dowodzony przez Kapitan Kathryn Janeway, oraz okręt rebelii Maquis zostają przeniesione do odległego o 75000 lat świetlnych kwadrantu Delta.