Phil Coulson wraca do T.A.R.C.Z.Y., gdzie dowodzi małym oddziałem świetnie wytrenowanych agentów, którzy zajmują się niesklasyfikowanymi jeszcze dziwnymi i trudnymi do zrozumienia sprawami.
Po katastrofie morskiej na bezludnej wyspie zostaje odnaleziony milioner. Gdy mężczyzna wraca do cywilizacji, postanawia walczyć ze złem i łapać przestępców.
Walter Sherman, weteran wojny w Iraku, cierpi na uszkodzenie mózgu, które wywołuje zdolność dostrzegania połączeń między pozornie niezwiązanymi wydarzeniami, przedmiotami lub osobami. Dzięki temu zostaje specjalistą w odszukiwaniu tego, co inni stracili.
Jako patolog sądowy współpracujący z policją filadelfijską, doktor Megan Hunt musi sobie radzić z problemami osobistymi jednocześnie łamiąc zasady obowiązujące podczas pracy w policji, aby ukarać przestępców oraz ulżyć ofiarom i ich rodzinom.
Elitarny zespół agentów FBI zwany Red Cell wykorzystuje niekonwencjonalne metody śledcze i agresywną taktykę, by schwytać najbardziej nikczemnych przestępców w kraju.
W siedzibie prezydenta USA zostaje zamordowana młoda urzędniczka. Tajemnicę jej śmierci próbują rozwikłać doświadczony detektyw z wydziału zabójstw i agentka służb specjalnych.
W pobliżu zatoki dochodzi do wycieku ropy z uszkodzonego tankowca, co stanowi zagrożenie dla żyjących tam zwierząt. Jesse zatroskany jest o los zaprzyjaźnionej orki.