Po latach spokoju statek Sidonia ponownie staje w obliczu zagrożenia ze strony Gauna. Nagate Tanikaze bierze udział w działaniach mających na celu ochronę statku i jego mieszkańców.
Pewnego dnia Yomogi Asanaka, uczeń pierwszego roku liceum Fujiyokidai, poznaje tajemniczego mężczyznę o imieniu Gauma, który twierdzi, że jest "użytkownikiem kaiju". Po nagłym pojawieniu się potworów, do akcji wkracza także gigantyczny robot DYNAZENON. Yomogii i jego przyjaciele, którzy znaleźli się w niewłaściwym miejscu o niewłaściwym czasie, zostają wciągnięci w walkę z kaiju.
Monkey D. Luffy żegluje wraz ze swoją piracką załogą Słomkowego Kapelusza w poszukiwaniu legendarnego skarbu, który pozwoli mu zostać nowym królem piratów.