Zespół NCIS na Hawajach bada przestępstwa o wysokiej stawce, związane między innymi z działaniami wojskowymi, bezpieczeństwem narodowym i wieloma innymi tajemnicami rajskich wysp.
Sierżant "Hondo" Harrelson kieruje specjalną grupą policjantów wyspecjalizowanych w przeprowadzaniu najbardziej niebezpiecznych akcji. Do zespołu dołącza Jim Street, któremu ciężko jest dopasować się do pozostałych.
W małym miasteczku znika chłopiec. Wkrótce mieszkańcy odkrywają tajemnicę sekretnych eksperymentów, przerażających sił nadprzyrodzonych i małej dziwnej dziewczynki.
Grupa pracowników rządowej agencji NCIS rozwiązuje trudne zagadki kryminalne związane z Marynarką Wojenną. Dowodzi nią działający według własnych zasad Jethro Gibbs.