W niedalekiej przyszłości, duchy, zjawy oraz potwory są w pełni widoczne za sprawą wirusa, który zainfekował całą ludzkość za zawsze zmieniając ludzki kod genetyczny. Chłopak o imieniu Haruhiko prowadzi szkolny klub zrzeszający ludzi posiadających specjalne umiejętności pozwalające na odsyłanie tajemniczych stworzeń sprawiających problemy do innego świata. W ten sposób grupa znajomych broni przed nimi swojej szkoły.

Zbliżają się święta Bożego Narodzenia, a wyjątkowo podekscytowana tym faktem Haruhi Suzumiya postanawia z tej okazji zorganizować przyjęcie w którym uczestniczyć mają wszyscy członowe Brygady SOS. Wydawałoby  się, że wszystkie przygotowania idą wyjątkowo spokojnie, szczególnie biorąc pod uwagę stabilny stan emocjonalny Haruhi, ale gdy następnego dnia Kyon udaje się do szkoły okazuje się, że nikt taki jak Haruhi Suzumiya nigdy nie uczęszczał z nim do jednej klasy, mało tego Brygada SOS zdaje się również nie istnieć.  

Podczas swojego pierwszego dnia w szkole średniej, piękna dziewczyna o imieniu Haruhi Suzumiya przedstawia się mówiąc: "nie interesuje się zwykłymi ludzmi". Jej dziwnemu zachowaniu przygląda się Kyon, chłopak który siedzi w ławce przed Haruhi i jest jedyna osobą która z nią rozmawia. Haruhi dołącza do każdego możliwego szkolnego klubu po czym natychmiast go opuszcza. Kyon podsuwa jej pomysł założenia własnego. W krótkim czasie on i pare innych osób staje się członkami Brygady S.O.S.