Tsukune przypadkowo wsiada do autobusu, który jest własnością szkoły potworów.

Pomiędzy Unią, a Deague toczy się wieloletnia wojna międzygwiezdna. Ralph to wyjątkowo zdolny pilot mecha typu Strain walczący po stronie Unii, którego umiejętności są stawiane za wzór kandydatom na nowych pilotów. Młodsza siostra Ralpha, 16-letnia Sara pragnie zostać pilotem i przyłączyć się do walki u boku brata. Pewnego dnia Deague atakuje obóz treningowy Sary, a na czele napastników stoi nie kto inny jak sam Ralph. Sara postanawia za wszelką cenę odnaleźć brata i dowiedzieć się dlaczego zdradził Unię i przyłączył się do wroga.