Tajemnicza grupa shinobi przeprowadza niespodziewany atak na osadę Konoha-gakure, która w wyniku tego odnosi wielkie straty. Widmo kolejnej Wielkiej Wojny Ninja może się urzeczywistnić. Sasuke, wciąż nukenin (ninja, który porzucił swoją osadę) z Konohy, kolejny raz pojawia się przed Naruto w nieznanym miejscu, aby zapobiec takiemu biegowi wydarzeń.
Shin'ichi jest uważany za współczesnego Sherlocka Holmesa. Podczas jednego ze swoich śledztw zostaje otruty, jednak trucizna zamiast zabić, zamienia go w dziecko.
Miaka i Yui wybrały się pewnego razu do Biblioteki Narodowej. Znalazły tam Księgę Czterech Bóstw, która przeniosła je do dawnych Chin... Rywalizacja przyjaciółek zaczyna się wtedy, gdy Miaka zostaje kapłanką jednego z bóstw, Suzaku, a Yui kapłanką Seiryiu - no i oczywiście kiedy... zakochują się w tym samym chłopaku. Każda z nich będzie musiała odnaleźć siedmiu wojowników swojego bóstwa, a następnie to bóstwo przywołać.
Kontynuacja 'Magic Knight Rayearth'. Hikaru, Umi i Fuu powróciły do Tokio. Lecz ich zachowanie się zmieniło. Są przygnębione i dręczą ich wyrzuty sumienia. Chcąc powrócić do Cephiro spotykają się w Tokyo Tower. Nagle pojawai się błysk światła i znów są w Krainie Marzeń. Ale to nie jest ta sama kraina, co kiedyś. Miejsce roślinności zajął piasek i nagie góry, a na środku tego pustkowia stoi zamek z kryształu. Po spotkaniu z Clefem dowiadują się, iż Cephiro atakuja trzy kraje: Autozam, Faren i Chizeta...