W 2045 roku Motoko Kusanagi i Sekcja 9 powracają, aby stawić czoła nowemu zagrożeniu, w pełnometrażowej wersji pierwszego sezonu "SAC_2045".

Mary jest zwyczajną małą dziewczynką, która mieszka ze swoją ciotką Charlotte. W jej życiu mało się dzieje. Nie ma też zbyt wielu przyjaciół. Pewnego dnia, za sprawą tajemniczego kota, Mary trafia do lasu, gdzie odkrywa magiczną miotłę i niezwykłą roślinę, która kwitnie raz na siedem lat. Dzięki nim trafia do szkoły magii prowadzonej przez panią Mumblechook i błyskotliwego doktora Dee. Kiedy dziewczynka wypowiada kłamstwo, nagle uświadamia sobie, że musi zaryzykować życie, żeby naprawić wyrządzone przez nie szkody.