Wojna między koordynatorami a "zwykłymi" ludźmi zakończyła się. Czas pokoju nie trwał jednak zbyt długo. Z bazy ZAFT`u zostają skradzione trzy prototypy Gundamów (o wiele silniejsze od pozostałych). Ziemianie szykują się do wojny wytaczając przeciw koordynatorom ich własną broń...