Od wydarzeń, które niemalże zniszczyły świat minęło czternaście lat. Shinji budzi się do życia w całkiem nowym otoczeniu, lecz walka nadal trwa i nic nie zwiastuje jej końca.

Młodzi bohaterowie zasiadają za sterami biomechanicznych robotów, aby bronić Ziemi przed atakami obcych istot.

W XXI wieku, meteoryt uderzył w Antarktykę. Po tym jak naukowcy chcieli zbadać to zjawisko, nastąpiła ogromna eksplozja, zaklasyfikowana jako "Drugie Zderzenie". Shinji Ikari jako czternastoletni chłopiec wyjechał do Tokyo3, żeby zobaczyć się z ojcem, który zostawił go wiele lat temu. W czasie jego przyjazdu miasto zmienia się w pole bitwy z ogromnymi potworami, zwanymi "Aniołami". Okazuje się, że Shinji jest w stanie zsynchronizować się z ogromnym robotem - Evangelion 01. Zostaje pilotem maszyny i staje w obronie miasta. W tle jego zmagań pojawiają się odpowiedzi na wiele pytań dotyczących "Aniołów", "Drugiego Zderzenia" czy walki człowieka z Bogiem...