Lato 1995. Koichi, były funkcjonariusz elitarnej jednostki Kerberos, wraca do Tokio po latach w podziemiu. Miasto zmieniło się nie do poznania, pełne dziwaków, opustoszałych kin i mrocznych zakamarków, gdzie każdy szept brzmi jak spisek.

Po tym, jak meteoryt sprowadza na ziemię Ghidorah, trójgłowego potwora, Mothra stara się zjednoczyć z Godzillą i Rodanem, by razem pokonać zagrożenie.