Kontynuacja wydarzeń z pierwszego sezonu Made in Abyss. Do podróżujących na dno Otchłani Riko i Rega dołącza Nanachi. Po przebyciu znajdującego się na piątej warstwie Oceanu Zwłok trafiają do placówki badawczej, gdzie swą siedzibę ma Bondrewd zwany Suwerenem Brzasku.

W przyszłości, gdzie gigantyczne bestie stanowią zagrożenie dla ludzkości, zbiera się grupa uderzeniowa, która ma zniszczyć potwory i ocalić świat.

Ryōma zakochuje się w Izumim, nie zdając sobie sprawy, kim naprawdę jest obiekt jego uczuć.

Trzydzieści tysięcy graczy zostaje uwięzionych w grze Elder Tale. Muszą się zmierzyć z nową rzeczywistością jaką jest świat fantasy.