W niezbyt odległej przyszłości, na powierzchni naszej planety trwa zacięta walka pomiędzy resztką ludzkości, zamieszkującą podziemne miasto Lacrima, a najeźdźcami z innej rzeczywistości, zwanymi Shangri-la. Wykorzystując zaawansowaną technologię i fizykę kwantową, elitarny oddział Smoczej Kawalerii podróżuje w przeszłość, poszukując "Smoczej Obręczy" - anomalii kwantowej zdolnej do przeważenia szali zwycięstwa w konflikcie. Sytuacja jest napięta, bowiem wróg prowadzi podobne poszukiwania. Niespodziewanie, anomalia odnajduje się w naszej rzeczywistości. Sprawy jednak bardzo się komplikują, bowiem Smocza Obręcz okazuje się być żywą osobą, którą część Kawalerzystów znała i darzyła uczuciem we własnej przeszłości. Tymczasem przybycie Shangri-la jest tylko kwestią czasu, a rozkazy w sprawie Smoczej Obręczy są jednak jednoznaczne: zdobyć za wszelką cenę lub zgładzić, aby nie wpadła w ręce wroga...
Wojna między koordynatorami a "zwykłymi" ludźmi zakończyła się. Czas pokoju nie trwał jednak zbyt długo. Z bazy ZAFT`u zostają skradzione trzy prototypy Gundamów (o wiele silniejsze od pozostałych). Ziemianie szykują się do wojny wytaczając przeciw koordynatorom ich własną broń...