Hiro wraz ze swoimi przyjaciółmi stara się rozwiązać zagadkę coraz częściej występujących zjawisk paranormalnych oraz stojących za nimi "Hologramowych Duchów".
W odizolowanej od świata podziemnej wiosce, Kamina i Simon irytują do granic możliwości swojego wodza. Wszytko ulega zmianie, kiedy Simon potyka się o fantastyczne urządzenie, a spokój osady zostaje naruszony przez brutalnych intruzów.
Wbrew swojej woli Ikari Shinji zostaje wybrany na pilota Evangeliona, humanoidalnego robota, który broni Ziemi przed kosmicznymi najeźdźcami. Zamknięty w sobie chłopak zmaga się nie tylko z przeciwnikami, ale i samym sobą.