Hiro wraz ze swoimi przyjaciółmi stara się rozwiązać zagadkę coraz częściej występujących zjawisk paranormalnych oraz stojących za nimi "Hologramowych Duchów".
Wbrew swojej woli Ikari Shinji zostaje wybrany na pilota Evangeliona, humanoidalnego robota, który broni Ziemi przed kosmicznymi najeźdźcami. Zamknięty w sobie chłopak zmaga się nie tylko z przeciwnikami, ale i samym sobą.