Hiro wraz ze swoimi przyjaciółmi stara się rozwiązać zagadkę coraz częściej występujących zjawisk paranormalnych oraz stojących za nimi "Hologramowych Duchów".
Bohaterowie ruszają na desperacką misję, by ocalić Trunksa z mrocznej, więziennej planety. Po drodze zostają wciągnięci w serię bitew, od których zależą losy nie tylko całego wszechświata, lecz także samej czasoprzestrzeni.
Kudou Taiki jest chłopcem, który nigdy nie odmawia pomocy innym. W wyniku niezwykłego splotu wydarzeń, spotyka umierającego stworka - Shoutmona. Wyrażając chęć uratowania digimona, Taiki, wraz z dwójką znajomych zostaje przeniesiony do krainy zwanej Cyfrowym Światem. Na miejscu dowiaduje się, że został mianowany generałem i ma poprowadzić do walki armię digimonów. Jednak nie jest jedyną osobą o takim tytule, a jakby tego było mało nieznana kraina stoi w obliczu kryzysu jakimi są działania Imperium Bagra, które chce doprowadzić do przejęcia władzy nad alternatywnym światem.