Rok 1946. Po zniknięciu Kapitana Ameryki Peggy Carter zostaje przeniesiona do pracy biurowej w departamencie Naukowych Rezerw Strategicznych. Oskarżony o zdradę Howard Stark prosi ją, by pomogła mu oczyścić się z zarzutów.
Phil Coulson wraca do T.A.R.C.Z.Y., gdzie dowodzi małym oddziałem świetnie wytrenowanych agentów, którzy zajmują się niesklasyfikowanymi jeszcze dziwnymi i trudnymi do zrozumienia sprawami.
W roku 2046, Ziemia jest nową planetą, którą rządzą nowe zasady. Ponad trzydzieści lat po przybyciu różnych obcych na jej powierzchnię, krajobraz został niemal całkowicie zmieniony i przekształcony nie do poznania. Do miasta Defiance, dawniej zwanego St. Louis, przybywa tajemniczy Nolan (Grant Bowler) i jego podwładna Irisa (Stephanie Leonidas). Gdy tylko osiedlają się w mieście nadzorowanym przez burmistrz Amandę Rosewater (Julie Benz), zamieszkałym przez ludzi jak wpływowy Rafe McCawley (Graham Greene), przedsiębiorcza właścicielka salonu Kenia (Mia Kirshner) oraz ambitnych obcych - Tarrsów (Tony Curran i Jaime Murray) - rozwój wydarzeń zaczyna zagrażać nietrwałemu pokojowi, o który to graniczne miasto walczyło.
Lourdes Nieves przeprowadza się do Miami, gdzie zamierza poślubić polityka, Billy'ego Whitleya. Mimo że kobieta chce zerwać z przeszłością, wykorzystuje dawne kontakty, by pomóc mężowi w karierze.
Minęło 40 lat odkąd 12 ludzkich kolonii słyszało po raz ostatni o swoich "dzieciach" Cylonach, inteligentnych maszynach, które wyzwoliły się i wypowiedziały wojnę swoim panom i stwórcom - ludziom, a następnie zniknęli. W nagłym niszczycielskim ataku Cyloni powrócili i zniszczyli ludzkie kolonie. Zwycięstwo ułatwiło im to, iż część z nich wygląda już jak ludzie. Atak zmusił Komandora Williama Adamę do przywrócenia do gotowości bojowej jego statek wojenny-muzeum, Battlestar Galactica i wraz z pilotami myśliwców stacjonujących na Battlestar rozpocząć walkę z najeźdźcą. Niestety walka z agresorem jest trudna i Komandor Adama zmuszony jest prowadzić niewielką flotę ocalałych ludzi w samotną wędrówkę w poszukiwaniu trzynastej kolonii - planety zwanej Ziemią.
Komandor William Adama staje na czele grupy ludzi, którzy przeżyli galaktyczną wojnę z Cylonami i teraz wyruszają na pokładzie statku kosmicznego Galactica na poszukiwanie nowego świata, w którym ludzkość mogłaby się odrodzić. Ale zagrożenie nie minęło: wśród ludzi nadal bowiem mogą kryć się łudząco do nich podobni Cyloni.