Rok 1946. Po zniknięciu Kapitana Ameryki Peggy Carter zostaje przeniesiona do pracy biurowej w departamencie Naukowych Rezerw Strategicznych. Oskarżony o zdradę Howard Stark prosi ją, by pomogła mu oczyścić się z zarzutów.
Phil Coulson wraca do T.A.R.C.Z.Y., gdzie dowodzi małym oddziałem świetnie wytrenowanych agentów, którzy zajmują się niesklasyfikowanymi jeszcze dziwnymi i trudnymi do zrozumienia sprawami.
Jest rok 2046. Na Ziemi panują nowe warunki i zasady. Odkąd trzydzieści lat temu najechały ją różne gatunki obcych istot z kosmosu, jej krajobraz i środowisko zmieniły się nie do poznania. Do miasta Defiance, niegdyś zwanego St. Louis, przybywa tajemniczy Nolan (Grant Bowler) ze swoją podopieczną Irisą (Stephanie Leonidas).
Lourdes Nieves przeprowadza się do Miami, gdzie zamierza poślubić polityka, Billy'ego Whitleya. Mimo że kobieta chce zerwać z przeszłością, wykorzystuje dawne kontakty, by pomóc mężowi w karierze.
Komandor William Adama (Edward James Olmos) staje na czele grupy ludzi, którzy przeżyli galaktyczną wojnę z Cylonami i teraz wyruszają na pokładzie statku kosmicznego Galactica na poszukiwanie nowego świata, w którym ludzkość mogłaby się odrodzić. Ale zagrożenie nie minęło: wśród ludzi nadal bowiem mogą kryć się łudząco do nich podobni Cyloni.