Spark i jego przyjaciele planują odzyskać swoją planetę, która została opanowana przez złego Zhonga.

Rok 2065. Dr Aki Ross stawia czoło Heinowi, który za wszelką cenę chce wykorzystać broń masowej zagłady.

Rozkoszny, ale zamknięty w sobie pingwin imieniem Hubie planuje przynieść zaręczynowy kamyk do dziewczyny swoich snów, zanim okres godowy skończy się, albo straci szansę na zawsze. Gdy Hubie zamierza wręczyć swój kamyk, zły Drake strąca go z lodowca wprost do wody. Zakochany pingwin zostaje zamknięty w klatce na statku rybackim, lecz spotyka tam cwanego Rocko, którego jedyne pragnienia to żyć w słonecznych klimatach i nauczyć się latać. Dwójka pingwinów wspólnie ucieka z okrętu i postanawia wrócić na Antarktydę, ale gdy powrócą już do domu, Hubie musi zwyciężyć swojego najgorszego wroga, a Rocko zmierzyć się z rzeczywistością snu o lataniu.