Mario, hydraulik z Brooklynu, wraz z księżniczką Peach i humanoidem Toadem wyrusza w podróż pełną przygód, by ocalić świat przed ziejącym ogniem żółwiem Bowserem.

Wojownicze Żółwie Ninja powracają po latach nieobecności na dużym ekranie. Po pokonaniu starego wroga, Shreddera, rodzina żółwi zaczyna się rozpadać. Niepokój Splintera wzmagają dziwne wydarzenia do jakich dochodzi w Nowym Jorku. Przemysłowiec Max Winters po postrzeleniu staje się szalony. Zaczyna gromadzić armie starożytnych potworów. Kiedy uświadamia sobie, że jego plan zaczyna odnosić sukces, nie jest dłużej usatysfakcjonowany z zemsty przeciw byłemu pracodawcy. Teraz jego celem staje się dominacja nad całym światem.