Młody dziennikarz prowadzi śledztwo w sprawie manipulacji dowodami przez znanego prokuratora. Gdy wychodzi na jaw, ze początkujący redaktor też ma wiele do ukrycia, rozpoczyna się niebezpieczna rozgrywka między nimi.
Film rozgrywa się w odległej przyszłości, kiedy to tajemnicza choroba uśmierciła większą część ludności. Aeon Flux ma zabić jednego z głównych członków Kongresu rządzącego Bregną.