Minęło prawie 30 lat, odkąd dr Sam Beckett wszedł do akceleratora kwantowego skoku i zniknął na dobre. Teraz nowy zespół naukowców pod wodzą fizyka Bena Songa zamierza wrócić do badania niezwykłej maszyny, aby poznać tajemnice jej oraz jej twórcy. Wszystko jednak się zmienia, kiedy doktor Song niespodziewanie przenosi się do przeszłości i także zostaje zagubiony w czasie.

Phil Coulson wraca do T.A.R.C.Z.Y., gdzie dowodzi małym oddziałem świetnie wytrenowanych agentów, którzy zajmują się niesklasyfikowanymi jeszcze dziwnymi i trudnymi do zrozumienia sprawami.