Faith wraca do rodzinnego domu po tym jak jej mąż został aresztowany za prowadzenie interesów niezgodnie z prawem zostawiając luksusowe życie w Nowym Jorku. 

Cztery żółwie w wyniku kontaktu z tajemniczą substancją uzyskują ludzkie rozmiary i umysł. Ich mentorem oraz opiekunem zostaje szczur Splinter.