Ma troje rodzeństwa: młodszego brata Steve'a oraz siostry Kathy i Trish.

Był członkiem jury podczas 48. Międzynarodowego Festiwalu Filmowego w Cannes (Francja) w 1995 roku.

Waters posiada jeden z obrazów John'a Wayne'a Gacy'a (amerykańskiego, seryjnego mordercy). Obraz wisi w pokoju gościnnym, by, jak twierdzi reżyser, goście nie zostawali w nim za długo...

Wszystkie jego filmy umiejscowione są w Baltimore (Maryland, USA).

W młodości zarabiał 50 dolarów tygodniowo. Robił przedstawienia kukiełkowe dla dzieci sąsiadów, często występował na przyjęciach urodzinowych. Wiele jego pokazów było inspirowanych filmami Williama Castle

Był członkiem jury dramatycznego na Festiwalu Filmowym Sundance w 2002 roku.

Był brany pod uwagę do roli detektywa Johna Muncha w serialu "Wydział zabójstw Baltimore". Ostatecznie jednak zaangażowany został Richard Belzer.

Odrzucił propozycję reżyserii filmu "Forrest Gump".

W 2011 roku wystąpił w teledysku do piosenki "Creep" zespołu The Lonely Island.  

Jest autorem następujących książek:
- 1981 r. - "Shock Value: A Tasteful Book About Bad Taste";
- 1987 r. - "Crackpot: The Obsessions of John Waters";
- 1988 r. - '"Trash Trio: Three Screenplays";
- 2003 r. - "Art: A Sex Book" (wspólnie z Bruce'm Hainleyem);
- 2010 r. - "Role Models";
- 2014 r. - "Carsick: John Waters Hitchhikes Across America".

Praktycznie we wszystkich jego produkcjach gra Mink Stole.

Dostał propozycję wyreżyserowania filmu "Żądza na pustyni", jednak odmówił, ponieważ to nie on był autorem scenariusza. Ostatecznie za kamerą stanął Paul Bartel.