Film rozgrywa się w odległej przyszłości, kiedy to tajemnicza choroba uśmierciła większą część ludności. Aeon Flux ma zabić jednego z głównych członków Kongresu rządzącego Bregną.

Ambitny właściciel ziemski poślubia siostrę swojej zmarłej narzeczonej. Z czasem dorabia się fortuny, co burzy losy jego rodziny.