Globalna agencja szpiegowska Cytadela upada, do czego przyczynia się nowa organizacja - Mantykora. Pamięć agentów zostaje wymazana, ale czy mimo to będą w stanie stanąć do walki?
Grupa zmutowanych wojowników ninja i nieustraszona dziennikarka April O'Neil stają do walki z tajemniczym Klanem Walczących Stóp, który terroryzuje Nowy Jork.
Sydney Bristow jest podwójną agentką, która dzieli życie pomiędzy rozpracowywaniem tajnej organizacji terrorystycznej oraz zdobywaniem informacji dla CIA a byciem zwykłą studentką.