Urodził się w Manshu, posiadłości japońskiej w okupowanej Korei. Asystent reżysera od 1949 roku do 1958. Samodzielnie zadebiutował w 1959 filmem "Osorubeki Hiasobi" ("Niebezpieczne zabawy z ogniem"). W całej karierze wyreżyserował 36 filmów. Najbardziej znane są osiągnięcia Fukudy w serii Godzilli, gdzie po ustąpieniu Hondy Ishiro ze stanowiska czołowego twórcy konwencji stał się głównym realizatorem opowieści o kaiju. Krytykowany za zniszczenie osiągnięć poprzednich gojifilmów przez znaczne obniżenie poziomu artystycznego i infantylizacji fabuły reżyser w kategorii rozrywki odniósł jednak sukces niezapomnianymi częściami cyklu takimi jak "Syn Godzilli" czy "Godzilla kontra Mechagodzilla". W latach 70' na Fukudę znów spojrzano krytycznie po tym, jak do realizacji "Godzilla kontra Gigan" bez pozwolenia Hondy wykorzystał wcześniej nakręcone materiały z lat 60'. Był też autorem tekstów do piosenek ze swoich filmów. Zmarł w Setagaya, Tokio, po walce z nowotworem.