Wszyscy są pochłonięci nową grą AR znaną pod nazwą "Ordinal Scale", ale Kirito i jego przyjaciele odkrywają mroczny sekret, który naraża ich na niebezpieczeństwo.

Takeru Kusanagi, jako członek akademii kształcącej przyszłych inkwizytorów, zwalcza osoby posługujące się magią.

17-to letni Yoshiharu Sagara, uczeń liceum przenosi się w czasie i zauważa, że znalazł się w centrum bitwy z okresu Sengoku. Przed śmiercią ratuje go słynny Hideyoshi Toyotomi, lecz w rezultacie mężczyzna sam ginie od zabłąkanej kuli. W obawie przed wypaczeniem historii, Yoshiharu zajmuje jego miejsce i zostaje jednym z doradców Nobuny Ody.

Serial opowiada historię Ookami Ryouko, licealistki znanej ze swojego groźnego wyglądu i zachowania chłopczycy. Razem z koleżanką z klasy - Akai Ringo należą do Otogi High School Bank. Jest to swego rodzaju organizacja zajmująca się handlem przysługami. Uczniowie mogą przyjść tam gdy mają kłopoty i poprosić o pomoc, a w zamian będą kiedyś poproszeni by tę przysługę odwzajemnić. Ponieważ niektóre z zadań banku bywają niebezpieczne postanowiono zatrudnić dodatkową osobę - chłopca imieniem Morino Ryoushi, który właśnie wyznał Ryouko swoją miłość.

Historia rozgrywa się w świecie w którym zjawiska nadprzyrodzone zostały całkowicie wyjaśnione w sposób naukowy. Główny bohater Kamijou Touma mieszka w "mieście szkół" zajmującym większość zachodnich rejonów Tokio. Szkoły znajdujące się na tym terenie kształtują u swoich uczniów zdolności nadprzyrodzone od poziomu 0 do poziomu 5. Touma sklasyfikowany jest na poziomie 0, co jest dla niego źródłem frustracji i braku zrozumienia wśród kolegów. Jedyną zdolnością jaką posiada, jest siła w prawej ręce, która niweluje zdolności paranormalne innych osób. Pewnego dnia na balkonie jego mieszkania pojawia się dziewczyna ubrana w biały habit, która w swojej pamięci zarejestrowała całą wiedzę magiczną znaną światu i z tego powodu jest ścigana przez magów. Od tej pory Touma wplątuje się w walkę między czarodziejami pragnącymi zapanować nad światem.