W zdemoralizowanym mieście, w którym cybernetyczne modyfikacje organizmu to norma, zdolny chłopak z ulicy chce zostać edgerunnerem, czyli wyjętym spod prawa najemnikiem.
Uczeń szkoły średniej - Tatewaki Shoutarou mieszkający w mieście Asahikawa w prefekturze Hokkaido spotyka Kujou Sakurako - kobietę, której pasją są kości. Posiada ona umiejętność wnikliwej analizy szczątków. Tatewaki towarzyszy jej przy badaniu wielu przypadków.
Bóg Yato, zbierając fundusze na własną świątynię, za niewielką opłatą udziela ludziom pomocy. Tym sposobem poznaje nastoletnią Hiyori, której dusza z nieznanych powodów opuszcza ciało.