Historia Polski i Polaków pod rosyjskimi zaborami, zwłaszcza losy dwóch niezwykłych kobiet, które w świetle rewolucyjnych nastrojów i burzliwych wydarzeń pragną zmienić swoje dotychczasowe życie. ​

Historia tożsamości Dolnego Śląska opowiedziana przez pryzmat tytułowego Domu pod Dwoma Orłami i jego mieszkańców.

Z domu dziecka w miasteczku przeznaczonym do zalania, wyrusza druga grupa bohaterów – to dzieci niepogodzone z decyzjami dorosłych, którzy chcą rozdzielić je na zawsze. Tobiasz, który z obrazu Malczewskiego trafia do współczesności, postanawia przyłączyć się do nich i staje na czele grupy. 

Rodzice przemierzają ponad 500 kilometrów, żeby pochować syna, który został zdradziecko zabity przez Urząd Bezpieczeństwa.

Po śmierci męża-gangstera Carmen zostaje zmuszona do przejęcia jego interesów i walki o bezpieczeństwo swojej rodziny.