Yuzuriha Amate, licealistka z kosmicznej Kolonii, trafia do świata nielegalnych walk "Clan Battle" jako pilotka Machu. Tam spotyka poszukiwanego pilota czerwonego Gundama – Shuji'ego.

Od wydarzeń, które niemalże zniszczyły świat minęło czternaście lat. Shinji budzi się do życia w całkiem nowym otoczeniu, lecz walka nadal trwa i nic nie zwiastuje jej końca.

Młodzi bohaterowie zasiadają za sterami biomechanicznych robotów, aby bronić Ziemi przed atakami obcych istot.

Seele organizuje zmasowany atak na NERV, próbując zniszczyć Evy, zanim Gendo uruchomi Trzecie Uderzenie i Projekt Dopełnienia Ludzkości.

W XXI wieku, meteoryt uderzył w Antarktykę. Po tym jak naukowcy chcieli zbadać to zjawisko, nastąpiła ogromna eksplozja, zaklasyfikowana jako "Drugie Zderzenie". Shinji Ikari jako czternastoletni chłopiec wyjechał do Tokyo3, żeby zobaczyć się z ojcem, który zostawił go wiele lat temu. W czasie jego przyjazdu miasto zmienia się w pole bitwy z ogromnymi potworami, zwanymi "Aniołami". Okazuje się, że Shinji jest w stanie zsynchronizować się z ogromnym robotem - Evangelion 01. Zostaje pilotem maszyny i staje w obronie miasta. W tle jego zmagań pojawiają się odpowiedzi na wiele pytań dotyczących "Aniołów", "Drugiego Zderzenia" czy walki człowieka z Bogiem...