Naruto zostaje oskarżony o kilka zbrodni i trafia do Więzienia Krwi, w którym grozi mu niebezpieczeństwo.

Tajemnicza grupa shinobi przeprowadza niespodziewany atak na osadę Konoha-gakure, która w wyniku tego odnosi wielkie straty. Widmo kolejnej Wielkiej Wojny Ninja może się urzeczywistnić. Sasuke, wciąż nukenin (ninja, który porzucił swoją osadę) z Konohy, kolejny raz pojawia się przed Naruto w nieznanym miejscu, aby zapobiec takiemu biegowi wydarzeń.

Naruto przeciwstawia się przeznaczeniu pomimo przepowiedzianej śmierci przez tajemniczą Shion.