Samotna młoda kobieta czuje się uwięziona w szkole dla dziewcząt, lecz metalowe dłonie i wzruszające listy przynoszą jej ukojenie, gdy zostaje uczennicą Violet.
Wojna się skończyła, a Violet Evergarden potrzebuje pracy. Pozbawiona emocji bohaterka zajmuje się pisaniem listów, aby lepiej zrozumieć siebie i własną przeszłość.
Shouya Ishida w szkole podstawowej dokucza niesłyszącej dziewczynie. Po latach, kiedy sam doświadcza odtrącenia przez rówieśników z powodu swojego dawnego zachowania, postanawia wszystko naprawić.
Oumae Kumiko zaczyna swoją edukację w szkole średniej, dziewczyna ma planach dołączenie do klubu instrumentów dętych, jednak widząc, że jej znajoma z poprzedniej szkoły także do niego dołącza - rezygnuje. Sytuacja zmienia się jednak, gdy koleżanki z obecnej klasy - Hazuki i Sapphire - również wyrażają chęć dołączenia do tego samego klubu. Pod ich wpływem Kumiko ostatecznie przełamuje się i deklaruje chęć wpisania na listę klubowiczów.
Podczas swojego pierwszego dnia w szkole średniej, piękna dziewczyna o imieniu Haruhi Suzumiya przedstawia się mówiąc: "nie interesuje się zwykłymi ludzmi". Jej dziwnemu zachowaniu przygląda się Kyon, chłopak który siedzi w ławce przed Haruhi i jest jedyna osobą która z nią rozmawia. Haruhi dołącza do każdego możliwego szkolnego klubu po czym natychmiast go opuszcza. Kyon podsuwa jej pomysł założenia własnego. W krótkim czasie on i pare innych osób staje się członkami Brygady S.O.S.
Pomiędzy Unią, a Deague toczy się wieloletnia wojna międzygwiezdna. Ralph to wyjątkowo zdolny pilot mecha typu Strain walczący po stronie Unii, którego umiejętności są stawiane za wzór kandydatom na nowych pilotów. Młodsza siostra Ralpha, 16-letnia Sara pragnie zostać pilotem i przyłączyć się do walki u boku brata. Pewnego dnia Deague atakuje obóz treningowy Sary, a na czele napastników stoi nie kto inny jak sam Ralph. Sara postanawia za wszelką cenę odnaleźć brata i dowiedzieć się dlaczego zdradził Unię i przyłączył się do wroga.
Yukinari, będąc niezwykle niskim, całe życie obrywał od dziewczyn. Doprowadziło to do wytworzenia się swoistego uczulenia na płeć przeciwną. Pewnego dnia, w trakcie jednej z walk wpada do wanny. Jakże wielkie było jego zdziwienie gdy okazuje się, że znajduje się w innym świecie, którego populacje stanowią prawie wyłącznie kobiety. Od razu stał się sensacją. Jednakże musi powrócić do domu. Okazało się to być niezwykle łatwe, lecz razem z nim przybywa Miharu, jedyna kobieta nie wyołująca u niego alergii. Na (nie?)szczęscie chłopak jeszcze nie wie, że kilka już niebawem dziewczyn zacznie wyraźnie się nim interesować...