Goku i przyjaciele zostają pomniejszeni w tajemniczych okolicznościach, po czym muszą wyruszyć do Królestwa Demonów, aby odkryć prawdę i znaleźć antidotum.
Historia rozgrywa się w świecie w którym zjawiska nadprzyrodzone zostały całkowicie wyjaśnione w sposób naukowy. Główny bohater Kamijou Touma mieszka w "mieście szkół" zajmującym większość zachodnich rejonów Tokio. Szkoły znajdujące się na tym terenie kształtują u swoich uczniów zdolności nadprzyrodzone od poziomu 0 do poziomu 5. Touma sklasyfikowany jest na poziomie 0, co jest dla niego źródłem frustracji i braku zrozumienia wśród kolegów. Jedyną zdolnością jaką posiada, jest siła w prawej ręce, która niweluje zdolności paranormalne innych osób. Pewnego dnia na balkonie jego mieszkania pojawia się dziewczyna ubrana w biały habit, która w swojej pamięci zarejestrowała całą wiedzę magiczną znaną światu i z tego powodu jest ścigana przez magów. Od tej pory Touma wplątuje się w walkę między czarodziejami pragnącymi zapanować nad światem.
Stowarzyszenie Chronos potajemnie sprawuje rządy nad światem by utrzymać pokój i harmonię. Jednym z ich najlepszych zabójców jest Numer XIII, Train Hartnett, znany jako Black Cat. Na pierwszy rzut oka, dzieciak pozbawiony jakichkolwiek zasad moralnych do czasu, gdy jego losy skrzyżują się z niezwykłą dziewczyną. Zawiły splot zdarzeń sprawia, że jest zmuszony porzucić swych mocodawców i sprzymierzyć się z ludźmi, za sprawą których zacznie podążać własną drogą ku swemu przeznaczeniu.
Monkey D. Luffy żegluje wraz ze swoją piracką załogą Słomkowego Kapelusza w poszukiwaniu legendarnego skarbu, który pozwoli mu zostać nowym królem piratów.
Shin'ichi jest uważany za współczesnego Sherlocka Holmesa. Podczas jednego ze swoich śledztw zostaje otruty, jednak trucizna zamiast zabić, zamienia go w dziecko.
Na Ziemi pojawiają się nowe androidy stworzone przez złego doktora Gero - C-13, C-14 i C-15. Do walki z nimi stają Son Goku, Vegeta i jego syn z przyszłości Trunks. Gdy już są blisko zwycięstwa C-13 wchłania C-14 i C-15 przekształcając się w Super C-13.
Ziemia zostaje znowu zaatakowana. Tym razem najeżdza na nią Lord Slug i jego kosmiczni piraci. Lord Slug podbija kolejne planety i przemienia je w... olbrzymie statki kosmiczne. Do tego dzięki Smoczym Kulom odzyskuje młodość i siłę. Na końcu okazuje się być Nameczaninem i w walce z Son Goku osiąga olbrzmie rozmiary. Bohaterowie muszą się spieszyć, gdyż to nie koniec problemów - cała Ziemia została też zamrożona.
Saiyański wojownik - Bardock otrzymuje od wroga z pola bitwy niezwykłą moc, jaką jest wizja przyszłości. Potężny Frezeer ma zamiar zniszczyć jego lud oraz rodzinną planetę, lecz najemnik próbuje go powstrzymać.
Kuririn i Goku wybierają się z Genialnym Żółwiem do miasta Miifan na Turniej Sztuk Walki. W tym mieście imperatorem jest młodziutki Chaotzu. Jak się okazuje za jego plecami spisek o znalezieniu wszystkich Smoczych Kul oraz podbiciu świata prowadzą Kryminator wraz z bratem. Teraz Goku wraz z przyjaciółmi musi pokrzyżować im plany.
Gdy Son Goku poznaje legendę Shenlona, czarodziejskiego smoka posiadającego moc spełniania życzeń, wyrusza wraz z Bulmą w poszukiwaniu siedmiu kryształowych kul.