Trzynastoletni Hitori zostaje adoptowany przez zamożne małżeństwo. Para nie zdaje sobie sprawy, że w rzeczywistości w jej domu znalazły się identyczne bliźnięta Migi i Dali, które przyjęły tożsamość jednego dziecka, aby zrealizować plan mający na celu odkrycie prawdy o śmierci ich matki.
Drobna wiedźma Alyssa znajduje porzuconą dziewczynkę rasy ludzkiej, którą postanawia wychować. Szesnaście lat później Viola jest już od niej znacznie większa, co sprawia, że inni biorą ją za matkę Alyssy.
Shinji, Asuka i Rei wędrują po zrujnowanej na skutek Trzeciego Uderzenia Ziemi, szukając schronienia oraz możliwości skontaktowania się z organizacją WILLE zanim Gendo Ikari wprowadzi w życie Projekt Dopełnienia Ludzkości.
Od wydarzeń, które niemalże zniszczyły świat minęło czternaście lat. Shinji budzi się do życia w całkiem nowym otoczeniu, lecz walka nadal trwa i nic nie zwiastuje jej końca.
Jako odpowiedź na nieustające ataki Aniołów do walki przystępuje dwóch nowych pilotów. Jednocześnie Rei i Shinji angażują się w ściśle tajny projekt nadzorowany przez organizację SEELE.
Inżynieria genetyczna osiągnęła w przyszłości bardzo wysoki poziom - naukowcy stworzyli ludzi idealnych - silnych, wytrzymałych a także pięknych, nazwano ich koordynatorami. Zawiść przeciętnych ludzi doprowadziła do opuszczenia przez koordynatorów ziemi i osiedlenia się ich na wielkich stacjach kosmicznych. Pewnego dnia niemy pokój został przerwany - ludzie atakują jedną z kolonii. Odpowiedź organizacji ZAFT stworzonej przez koordynatorów jest szybka - kontratak. Zaczęła się wojna...
Monkey D. Luffy żegluje wraz ze swoją piracką załogą Słomkowego Kapelusza w poszukiwaniu legendarnego skarbu, który pozwoli mu zostać nowym królem piratów.
W XXI wieku, meteoryt uderzył w Antarktykę. Po tym jak naukowcy chcieli zbadać to zjawisko, nastąpiła ogromna eksplozja, zaklasyfikowana jako "Drugie Zderzenie". Shinji Ikari jako czternastoletni chłopiec wyjechał do Tokyo3, żeby zobaczyć się z ojcem, który zostawił go wiele lat temu. W czasie jego przyjazdu miasto zmienia się w pole bitwy z ogromnymi potworami, zwanymi "Aniołami". Okazuje się, że Shinji jest w stanie zsynchronizować się z ogromnym robotem - Evangelion 01. Zostaje pilotem maszyny i staje w obronie miasta. W tle jego zmagań pojawiają się odpowiedzi na wiele pytań dotyczących "Aniołów", "Drugiego Zderzenia" czy walki człowieka z Bogiem...
Wbrew swojej woli Ikari Shinji zostaje wybrany na pilota Evangeliona, humanoidalnego robota, który broni Ziemi przed kosmicznymi najeźdźcami. Zamknięty w sobie chłopak zmaga się nie tylko z przeciwnikami, ale i samym sobą.