W świecie zwanym Dziurą cierpiący na amnezję człowiek z gadzią głową próbuje z pomocą przyjaciółki dopaść czarodzieja, który rzucił na niego tę jaszczurzą klątwę.

Boruto rozpoczyna swoją drogę ninja, chcąc wydostać się z cienia ojca i zdobyć nowe umiejętności oraz przyjaciół.