Na całym świecie w tajemniczych okolicznościach znika 2% populacji. Po trzech latach od wydarzenia mieszkańcy Mapelton dalej próbują pogodzić się z zaistniałą sytuacją i powrócić do normalnego życia.
Phil Coulson wraca do T.A.R.C.Z.Y., gdzie dowodzi małym oddziałem świetnie wytrenowanych agentów, którzy zajmują się niesklasyfikowanymi jeszcze dziwnymi i trudnymi do zrozumienia sprawami.